こちらの質問で、どうにかそれが実行出来るようになりました。
http://q.hatena.ne.jp/1367064416
chromeでならば、ブラウザからmidiファイルをabc棋譜に変換して、abc.jsで楽譜として表示します。
http://gpvox.dyndns.tv/demo.html
これはブラウザのjavascriptだけで実行され...ファイルのアップロードは生じません。
ファイルは
new Uint8Array(reader.result)
として渡すことなどが必要でした。
ところで、現在のfile.jsだと、返ってくる値は、文字（列）そのものではなく、
１バイトずつ整数の配列が返ってくるんですが
これを元の文字に戻して...
また、これは複数のオブジェクトファイルを結合してるんですが、このemscriptenでコンパイルコマンドは
gcc a1 b2 c3 ... のようなオプション、ファイル名などをそのまま
emcc a1 b2 c3 ... として最後の出力をjsファイルとすることで目的のjavascriptを生成できます。
